fa تحلیل شبکه ژنی برای شناسایی ژن های هاب و مسیرهای زیستی مرتبط با پیشرفت سرطان پستان با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیکی انفورماتیک پزشکی Health informatics پژوهشي Research <p style="text-align: justify;"><span style="font-family:nasimYW;"><span style="font-size:11pt"><span style="line-height:150%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">مقدمه</span></span></b><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">: فرآیند مولکولی تومورزایی در سرطان پستان به‌طور کامل شناخته نشده است و شناسایی ژن‌های مربوط به آن، مکانیسم‌های مولکولی اولیه سرطان را روشن می‌سازد. هدف این مطالعه، شناسایی ژن‌هایی با بیان متفاوت </span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">دخیل </span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">در بیماری‌زایی و پیش‌آگهی سرطان پستان از طریق آنالیز بیوانفورماتیک است</span></span>.<span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%"><span style="font-family:"B Nazanin""></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:11pt"><span style="line-height:150%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">روش بررسی</span></span></b><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">: مجموعه داده‌های</span></span> GSE45827<span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">، </span></span>GSE65194<span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">، و</span></span> GSE42568 <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">از قسمت</span></span> Gene Expression Omnibus <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">در پایگاه داده</span></span> NCBI <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">جهت شناسایی</span></span> <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">ژن‌های با بیان متفاوت دانلود و آنالیز شدند. هستی شناسی و مسیر ژنی در</span></span> KEGG &nbsp;<span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">نیز مورد مطالعه قرار گرفت. سپس برهمکنش پروتئین-پروتئین توسط پایگاه داده </span></span>STITCH<span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%"> رسم و با استفاده از افزونه</span></span> MCODE <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">در نرم افزار </span></span>Cytoscape<span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%"> تحلیل شد. سطح بیان ژن‌های</span></span> <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">هاب</span></span> <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">با استفاده از </span></span>UALCAN<span style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%"> و</span></span> Kaplan-Meier plotter <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">آنالیز و سپس با استفاده از</span></span> CTD <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">شبکه تعاملی ژن-دارو ایجاد شد</span></span>.<span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%"><span style="font-family:"B Nazanin""></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:11pt"><span style="line-height:150%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><b><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">یافته‌ها:</span></span></b><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%"> در مجموع 599</span></span> <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">ژن‌ها با بیان متفاوت</span></span> <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">انتخاب و چهار ژن</span></span> <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">هاب</span></span> <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">با بیشترین تعامل در شبکه، به کمک پایگاه داده</span></span> GTEx <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">&nbsp;شناسایی شدند. نتایج نشان داد که </span></span><i>NDE1</i><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">، </span></span><i>RAD21</i><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">، </span></span><i>ZWILCH</i><span style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%"> و</span></span> <i>ZWINT</i> <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">ممکن است ژن‌های کلیدی در مسیرهای چرخه سلولی، </span></span>P53<span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">، </span></span>PI3K-Akt<span style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%"> و</span></span> AMPK <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">و پیشرفت سرطان پستان باشند. </span></span></span></span></span></span><br> <b><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:107%">نتیجه</span></span><span style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:107%">‌</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:107%">گیری</span></span></b><span style="font-size:11pt"><span style="line-height:150%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%">: با توجه به نقش کلیدی چهار ژن هاب در مسیرهای اساسی و شناخته شده سرطان پستان، این ژنها می‌توانند به عنوان نشانگرهای زیستی بالقوه با ارزش پیش آگهی و اهداف درمانی نوین در نظر گرفته شوند</span></span>.<span style="font-size:12.0pt"><span style="line-height:150%"> درک بهتر این ژن ها و مسیرها می تواند به جلوگیری از پیشرفت سرطان پستان کمک کند. بنابراین تحقیقات بیشتری در این زمینه مورد نیاز است.</span></span></span></span></span></span></span></p> <p style="text-align: justify;"><span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:11pt"><span style="line-height:115%"><b><span style="line-height:115%">Introduction: </span></b><span style="line-height:115%">The molecular process of tumorigenesis in breast cancer is still not fully comprehended. Identifying related genes in breast cancer progression will clarify its basic molecular mechanisms. Therefore, the present study aimed to identify key differentially expressed genes associated with breast cancer prognosis and further investigate their potential link to pathogenicity. </span></span></span><br> <span style="font-size:11pt"><span style="line-height:115%"><b><span style="line-height:115%">Materials and Methods:</span></b><span style="line-height:115%"> The GSE45827, GSE65194, and GSE42568 datasets from Gene Expression Omnibus were downloaded and analyzed in the NCBI database to identify differentially expressed genes. The KEGG gene ontology and pathway were also studied. The STITCH website revealed the protein-protein interaction network of differentially expressed genes, which visualized using Cytoscape and further analyzed using the MCODE plugin. The expression levels of Hub genes were analyzed using UALCAN. Kaplan-Meier plotter was used to assess the association between the expression levels of identified genes and patient survival, and then a gene-drug interaction network was created using </span><span style="line-height:115%">Comparative Toxicogenomics Database to explore potential drugs that could target the identified genes.</span></span></span><br> <span style="font-size:11pt"><span style="line-height:115%"><b><span style="line-height:115%">Results:</span></b><span style="line-height:115%"> A total of 599 differentially expressed genes were identified, and four Hub genes were selected for further analysis through a high degree of connectivity and the GTEx database.</span> <span style="line-height:115%">The results showed that <i>NDE1</i>, <i>RAD21</i>, <i>ZWILCH</i>, and <i>ZWINT</i> may be key genes in cell cycle signaling, P53, PI3K-Akt, and AMPK breast cancer progression pathways. </span></span></span><br> <b><span style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:107%">Conclusion:</span></span></b></span><span style="font-size:11pt"><span style="font-family:Times New Roman;"><span style="line-height:107%"> Given the critical role of these four hub genes in the fundamental and well-known pathways of breast cancer, these genes can be considered as valuable potential prognostic biomarkers and novel therapeutic targets. A better understanding of these genes and pathways can provide insights into breast cancer progression. Therefore, further research is required in this regard.&nbsp; </span></span><span style="line-height:115%"><span style="font-family:Calibri,sans-serif"><span style="line-height:115%"> </span></span></span></span></p> سرطان پستان, GEO, بیان ژن, بیوانفورماتیک, بقا, نشانگرهای زیستی Bioinformatics, Biomarkers, Breast Cancer, Gene Expression, Gene Expression Omnibus (GEO), Survival 105 125 http://ijbd.ir/browse.php?a_code=A-10-1765-1&slc_lang=fa&sid=1 setayesh Hosseini ستایش سادات حسینی setayesh.hsn77@gmail.com 000319475328460012721 0009-0006-7591-8395 No Department of Biotechnology, Institute of Science and High Technology and Environmental Sciences, Graduate University of Advanced Technology, Kerman, Iran گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران amirhesan Yahyapour امیرحسان یحیی پور amirhesan@ymail.com 000319475328460012722 0009-0008-2285-9074 No Department of Biotechnology, Institute of Science and High Technology and Environmental Sciences, Graduate University of Advanced Technology, Kerman, Iran گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران Mohammadmehdi yaghoobi محمدمهدی یعقوبی m.yaghoobi@kgut.ac.ir 000319475328460012723 000319475328460012723 No Department of Biotechnology, Institute of Science and High Technology and Environmental Sciences, Graduate University of Advanced Technology, Kerman, Iran گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران Nahid Askari ناهید عسکری nahidaskari@gmail.com 3090819767 000319475328460012724 Yes Department of Biotechnology, Institute of Science and High Technology and Environmental Sciences, Graduate University of Advanced Technology, Kerman, Iran گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته، کرمان، ایران